肾结石和输尿管结石是泌尿系统最常见的结石，其症状取决于结石的大小，引起尿路梗阻的程度和有无继发细菌感染。在肾盂中不活动的结石而又无感染时，可长期无症状，甚至结石已引起肾功能不全时还无明显自觉症状，只在拍腹部X线片时偶然发现。但大多数患者或多或少均有一些临床症状，出现一些不适。
腰部疼痛是肾和输尿管结石的主要症状。大部分肾结石患者都有腰痛。肾结石较大，在肾盂中移动度较小时，疼痛多为胀痛，有时是隐痛，容易和腰椎疾病或腰部肌肉劳损相混淆。结石体积小，在肾盂内移动度大或掉入输尿管内成为输尿管结石时，容易引起肾盂和结石上端输尿管部分的梗阻而出现肾绞痛。肾绞痛是一种突然发生的剧烈疼痛，呈刀割样，从腰部开始，可沿输尿管向下放射至膀胱和会阴部。疼痛一般呈持续性并阵发性加重，一般持续数分钟，亦可长达数小时，并伴有恶心呕吐。发作时病人疼痛难忍，辗转反侧，面色苍白，大汗淋漓，甚至呈虚脱状态。还有一些输尿管下段结石的患者，由于疼痛会导致尿道括约肌反射性痉挛，造成患者小便不能自行解出，医学上称为尿潴留。
血尿是第二个重要症状，疼痛和血尿相继出现是肾和输尿管结石的特点；尤其是体力活动较多时，如劳动、运动或乘车时突然发生疼痛和血尿。但血尿一般较轻，有时肉眼不能看出，但几乎每个病例都能在显微镜下见到从少数到多数红细胞，因此尿的显微镜检查对诊断尿路结石很有帮助。
泌尿系统感染：还有一部分患者在临床上并无结石病的典型疼痛及血尿，而是因为尿频、尿急等泌尿系感染的症状就医。在这一类患者中，如不追究引起感染的原发病因，不做泌尿系平片及静脉泌尿系统X线造影检查，就容易忽略结石的存在。
肾结石患者偶有排出结石或小砂粒的病史，这就有助于诊断。双侧肾结石引起梗阻或患者唯一的肾(例如另一肾已切除)发生梗阻，可出现急性无尿。有时由于肾一肾反射，一例肾结石可引起对侧腰痛。单侧肾结石梗阻也可以引起急性无尿。
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